Nejen používání zvlhčovačů povede k onemocněním dýchacích cest, ale nesprávné použití zvlhčovačů může vést k onemocněním dýchacích cest.
Například zvlhčovač není včas vyčištěn, což pohlcuje a množí bakterie a viry a následně se přes zvlhčovač stává vodní mlhou obsahující bakterie, která je vdechována do dýchacích cest a způsobuje různá respirační onemocnění;
Příliš dlouhá doba zvlhčování povede k vysoké vlhkosti vzduchu a bakterie a viry ve vzduchu se dostanou do plic s dýcháním a způsobí respirační příznaky;
Kvalita vody ve zvlhčovači je špatná a vodní mlha s bakteriemi vytvořená ve zvlhčovači je vdechována do plic, což má za následek řadu respiračních onemocnění.
Kromě toho používání vody z vodovodu při použití zvlhčovače také povede k nadměrnému výskytu bakterií. Při používání zvlhčovače se doporučuje používat čištěnou vodu.